Laporan Praktikum Mikrobiologi Umum Analisis Kladogram

Karena ada permintaan dari sang penulis untuk mengapload laporan biologinya lagi, dengan senang hati saya menerimanya. Oke kali ini saya akan membagikan kepada teman-teman laporan praktikum mikrobiologi umum analisis kladogram. Meskipun materi ini mungkin dipelajari di tingkat mahasiswa, adik-adik SMP maupun SMA tetap bisa menjadikan artikel ini sebagai referensi tambahan untuk belajar..ya biar pemikirannya sama kaya mahasiswa Lah.hhhe..

      Apabila teman-teman ingin mengcopas artikel laporan ini , tolong disertai sumber dan penulisnya. Malu dong kalau jiplak tanpa sumber...oke langsung disimak yuk

--

LAPORAN PRAKTIKUM
MIKROBIOLOGI UMUM
ANALISIS KLADOGRAM
Oleh :
Viol Dhea Kharisma
135090107111007
Kelompok 6A

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI
JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2015

--

Analisis Kladogram
Viol Dhea Kharisma
Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Brawijaya

ABSTRAK

     Filogenetik merupakan kajian mengenai hubungan evolusi diantara organisme atau gen dari unit taksonomi, yang dipelajari menggunakan kombinasi antara biologi molekuler dan teknik statistik. Dasar klasifikasi yang digunakan dalam sistem filogenetik adalah persamaan dan perbedaan sifat anatomi dan morfologi. Sistem tersebut mencerminkan urutan perkembangan serta jauh dekatnya kekerabatan antartakson, selain mencerminkan persamaan dan perbedaan sifat morfologi dan anatomi. Fenetik adalah suatu studi yang mengklasifikasikan berbagai macam organisme berdasarkan kesamaan atau kemiripan morfologi dan sifat lainnya yang bisa diobservasi tidak tergantung pada asal evolusi organisme bersangkutan. Jadi dalam studi ini, lebih ditekankan adanya proses konvergensi evolusi berdasarkan dari hal yang telah dijelaskan bahwa pentingnya dilakukan praktikum ini adalah untuk mengetahui hubungan kekerabatan mikroorganisme satu dengan lainnya dengan menggunakan analisis kladogram  Berdasarkan dari hasil pengamatan dan analisis data yang telah dilakukan bahwa indeks similaritas antara  spesies  A dan B itu sekitar 70% dan spesies C dan D sekitar 84% jadi yang lebih similar atau memiliki indeks kemiripan yang paling tinggi adalah spesies C dan D berdasarkan analisis dengan menggunakan aplikasi atau program Free Tree dan Tree View, kemudian pada program analisis clad diperoleh nilai HTU I yaitu sebesar 1,00000 dan  HTU2 sebesar 0,915264 serta HTU3 sebesar 0,737288 pada spesimen Bacillus, isolat E1B1, dan E2B1. Bahwa spesies hasil dari praktikum ini memiliki kesamaan dalam hubungan kekerabatan tingkat family karena memilik indeks similaritas lebih dari 70%. Jika suatus spesies memiliki indeks similaritas yang besar maka indeksnya mencapai diatas 95%  atau  diatas 90% yang berarti spesies tersebut terletak dalam satu genus.

Kata kunci : Bacillus, CLAD, Fenetik, Filogenetik, Free Tree, Tree View

--

Analysis Cladogram
Viol Dhea Kharisma
Department of Biology, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Universitas Brawijaya

ABSTRACT

     A phylogenetic study of the evolutionary relationships between organisms or genes from a taxonomic unit, which was studied using a combination of molecular biology and statistical techniques. Basic classification used in the phylogenetic system are similarities and differences in anatomical and morphological properties. The system reflects the sequence of development as well as the nearby kinship antartakson far, in addition to reflecting similarities and differences in morphology and anatomy. Fenetik is a study which classifies the various kinds of organisms based on similarities or morphologies and other properties that can be observed is not dependent on the origin of the evolution of the organism in question. So in this study, emphasized the convergence process of evolution is based on the case that has been explained that the importance of this lab is performed to determine the relationship of kinship with each other microorganisms using cladogram Based on the analysis of the observations and analysis of data has been done that the index of similarity between species A and B was approximately 70% and species C and D of about 84% so that more Similar or have the highest similarity index is a species C and D based on the analysis by using an application or program Free Tree and Tree View, then the program clad analysis obtained HTU I value that is equal to 1,00,000 and HTU2 of 0.915264 and 0.737288 on the specimen HTU3 of Bacillus, isolates E1B1, and E2b1. That species results from this lab has a similarity in the level of family kinship as having an index of more than 70% similarity. If some species has a great similarity index, the index reached above 95% or above 90%, which means that the species is located in one genus.

Keywords: Bacillus, Clad, Fenetik, Phylogenetic, Free Tree, Tree View

--

BAB III
 METODE PRAKTIKUM

3.1 Waktu dan Tempat 

      Praktikum dengan judul “Analisis Kladogram “ yang dilaksanakan pada tanggal 28  April 2015 hari Kamis pada pukul 11.15-15.00 di Laboratorium Mikrobiologi Jurusan Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Brawijaya Malang.

3.2 Program CLAD
      Pertama, tanda +/ -  diganti menjadi + saja atau – saja kemudian table di copy lalu di paste transposes pada sheet yang baru kemudian tanda – diganti dengan 0, + dengan 1 kemudian copy baris nama isolate sampai akhir karakter uji kemudian dipaste di notepad kemudian diganti nama isolate dengan ABC kemudian jarak dihapus lalu bari 1 : 04 (9 jumlah isolate) ,lalu baris 2 = 059 (jumlah bakteri) baris ketiga diberi tanda * lalu nama isolate diberi tanda petik lalu sama dengan “A” = dan seterusnya tanpa spasi kemudia diklick save file kemudian program CLAD dibuka lalu diklik open file yang ada di note pad tadi kemudia klik Construct Fenetic kemudian diklik ok lalu klik fenetic tool dan di klik AUGEN kemudian full automatic di pilih kemudiaan klik ok.

3.3 Program Free Tree dan Tree View
      Pertama, data di excel dicopy kemudian di paste transpose di sheet baru lalu dibuat satu baris dibawah nama isolate kemudian di tekan ctrl+a lalu di paste di notepad baru lalu nama isolate diubah menjadi ABCD kemudia di klik save file lalu program free tree dibuka kemudian diklik file open analysis kemudian file dipilih dan diklik open lalu di pilih distance similarity matrick dan dicentan pada UPGMA lalu di klik G local and sneath lalu di klik bootstrapping dan klik 5000 kemudian repetition count dipilh dan run diklik kemudian references tree dan copy text tepresentation di klik kemudian program tree view di buka dan pilih edit dan paste lalu klik rectangular cladogram kemudian diklik internal labels dan selesai.

--

BAB IV
 HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Analisis Hasil
4.1.1 Data

 

Gambar 4.1 Hasil Dari Analisis Program CLAD

Gambar 4.2  Hasil Anlisis Menggunakan Program Free Tree dan Tree View

Gambar 4.3 Hasil Analisis Menggunakan Program Free Tree dan Tree View

4.1.2 Interpretasi Data
     Berdasarkan dari hasil pengamatan dan analisis data yang telah dilakukan bahwa indeks similaritas antara  spesies  A dan B itu sekitar 70% dan spesies C dan D sekitar 84% jadi yang lebih similar atau memiliki indeks kemiripan yang paling tinggi adalah spesies C dan D berdasarkan analisis dengan menggunakan aplikasi atau program Free Tree dan Tree View, kemudian pada program analisis clad diperoleh nilai HTU I yaitu sebesar 1,00000 dan  HTU2 sebesar 0,915264 serta HTU3 sebesar 0,737288 pada spesimen Bacillus, isolat E1B1, dan E2B1. Bahwa spesies hasil dari praktikum ini memiliki kesamaan dalam hubungan kekerabatan tingkat family karena memilik indeks similaritas lebih dari 70%. Jika suatus spesies memiliki indeks similaritas yang besar maka indeksnya mencapai diatas 95%  atau  diatas 90% yang berarti spesies tersebut terletak dalam satu genus.

4.1.3 Perbedaan Fenetik dan Filogenetik
      Filogenetik merupakan kajian mengenai hubungan evolusi diantara organisme atau gen dari unit taksonomi, yang dipelajari menggunakan kombinasi antara biologi molekuler dan teknik statistik. Dasar klasifikasi yang digunakan dalam sistem filogenetik adalah persamaan dan perbedaan sifat anatomi dan morfologi. Sistem tersebut mencerminkan urutan perkembangan serta jauh dekatnya kekerabatan antartakson, selain mencerminkan persamaan dan perbedaan sifat morfologi dan anatomi. Taksonomi filogenetik merupakan pengelompokan spesies atau jenis baru dengan cara analisis molekuler dan morfologi.  Jadi pada dasarnya, klasifikasi sistem filogenetik disusun berdasarkan persamaan fenotip yang mengacu pada sifat-sifat bentuk luar, faal, tingkah laku yang dapat diamati, dan pewarisan keturunan yang mengacu pada hubungan evolusioner jenis nenek moyang hingga cabang-cabang keturunannya. Terdapat dua metode pendekatan analisis dalam ilmu sistematika filogenetik yaitu fenetik dan kladistik. Filogenetik pemisahan ke dalam hubungan evolusioner (clades), berdasarkan perbandingan genom kemungkinan akan menggantikan phenotypical (phenetic) taksonomi dari prokariota().
Fenetik adalah suatu studi yang mengklasifikasikan berbagai macam organisme berdasarkan kesamaan atau kemiripan morfologi dan sifat lainnya yang bisa diobservasi tidak tergantung pada asal evolusi organisme bersangkutan. Jadi dalam studi ini, lebih ditekankan adanya proses konvergensi evolusi ().

4.1.4 Trouble Shooting
     Kesalahan yang terjadi pada praktikum dendogram ini adalah kurang teliti saat memasukkan data di note atau ada salah satu yang terhapus akibatnya output data dari program CLAD dan Tree view dan Free Tree tidak valid atau obyektif.

--

BAB V
 PENUTUP

5.1 Kesimpulan
     Berdasarkan dari hasil pengamatan dan analisis melalui program CLAD dan free tree serta tree view yang telah dilakukan bahwa spesies yang dianalisis memiliki indeks similarity diatas 70-75% berarti spesies tersebut terletak dalam satu family yang sama kemudian jika suatu spesies dikatakan memiliki indeks similarity yang tinggi jika suatu spesies indeksnya sekitar diatas 90 – 95% baru tergolong terletak dalam genus dan spesies yang sama.

5.2 Saran
    Perlu dilakukan penjelasan ulang mengenai metode analisisnya dan cara penetapan indeks similarity suatu spesies.

 --

Teman-teman bisa mendownloadnya dalam bentuk Ms Word di sini

    Sekian artikel dari NguentenPon™ ,semoga bisa bermanfaat bagi teman-teman.Apabila ada yang ingin ditanyakan silahkan tinggalkan di kotak komentar atau kontak dengan penulisnya.Terima kasih dan sampai jumpa.


Penulis :
Nama : Viol Dhea Kharisma
Facebook : Viol Dhea Kharisma


Admin :
Nama : Rizki Indra Prasetyawan
Fb : Rizky Indra Prasetyawan


Kata Kunci : Laporan Praktikum Mikrobiologi Umum Analisis Kladogram


Mau Copas?
     Silahkan copas namun harus diedit dan tidak boleh sama persis serta harus disertai sumber link.
https://nguentenpon.blogspot.co.id/2015/12/kromosom-gen-dan-dna-bagian-4-regulasi-gen.html

Read more

Laporan Praktikum Mikrobiologi Umum Identifikasi Bakteri Melalui Uji Biokimia

Hallo teman-teman , sangat senang sekali akhirnya postingan pertama di menu biologi akhirnya bisa terpublish. Kali ini saya akan membagikan laporan praktikum mikrobiologi umum identifikasi bakteri melalui uji biokimia karya dari teman saya Viol Dhea Kharisma.Dia adalah kakak kelas saya yang sekarang sedang kuliah di jurusan biologi murni di Universitas Brawijaya Malang. Mungkin bagi teman-teman yang kuliah di jurusan biologi murni, laporan ini sangat wajib untuk dibaca dan dipraktekkan . Apabila teman-teman ingin mengcopas artikel ini tolong disertai sumbernya dan penulisnya. 

LAPORAN PRAKTIKUM
MIKROBIOLOGI UMUM
IDENTIFIKASI BAKTERI MELALUI UJI BIOKIMIA
Oleh :
Viol Dhea Kharisma
135090107111007
Kelompok 6A

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI
JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2015

--

Identifikasi Bakteri Melalui Uji Biokimia
Viol Dhea Kharisma
Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Brawijaya

ABSTRAK

        Bakteri adalah kelompok organisme yang tidak memiliki membran inti sel. Organisme ini termasuk ke dalam domain prokariota dan berukuran sangat kecil (mikroskopik), serta memiliki peran besar dalam kehidupan di bumi.  Beberapa kelompok bakteri dikenal sebagai agen penyebab infeksi dan penyakit, sedangkan kelompok lainnya dapat memberikan manfaat dibidang pangan, pengobatan, dan industri. Struktur sel bakteri relatif sederhana: tanpa nukleus/inti sel, kerangka sel, dan organel-organel lain seperti mitokondria dan kloroplas. Hal inilah yang menjadi dasar perbedaan antara sel prokariot dengan sel eukariot yang lebih kompleks. Uji biokimia merupakan salah uji yang digunakan untuk menentukan spesies kuman yang tidak diketahui sebelumnya. Setiap kuman memiliki sifat biokimia yang berbeda sehingga tahapan uji biokimia ini sangat membantu proses identifikasi. Praktikum ini bertujuan agar mahasiswa mampu  mengetahui, teknik melakukan identifikasi dan karakterisasi bakteri melalui uji biokimia. Manfaat yang dapat diambil dalam praktikum ini adalah mahasiswa biologi mampu melakukan melakukan identifikasi dan karakterisasi bakteri melalui uji biokimia. Selain itu uji biokimia ini dapat digunakan untuk mencari bakteri yang mampu menguraikan misalnya limbah urea, nitrat, asam-asam kuat dan basa kuat hal tersebut dapat dimanfaatkan dalam bidang industri sebagai pengolahan limbah yang dihasilkan oleh pabrik. Berdasarkan dari hasil praktikum yang telah di dapatkan bahwa dalam uji biokimia yang digunakan untuk mengidentifikasi bakteri dapat dilihat bahwa tiap jenis bakteri dapat mengekspresikan atau menunjukkan karakternya tersendiri jika dilakukan berbagai macam uji misalnya dalam uji reduksi nitrat yang menghasilkan warna merah dan terbentuknya gumpalan jadi bakteri tersebut dapat mereduksi nitrat.

Kata kunci : Bakteri, Identifikasi Bakteri, Organisme, Uji Biokimia

--

Identification of Bacteria Through Biochemistry Test
Viol Dhea Kharisma
Department of Biology, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, University of Brawijaya

ABSTRACT

       Bacteria are a group of organisms that do not have a cell nucleus membrane. These organisms belong to the domain of prokaryotes and are very small (microscopic), and has a major role in life on earth. Some group of bacteria known as the causative agent of infection and disease, while the other group can provide benefits in the field of food, medicine, and industry. Bacterial cell structure is relatively simple: without nucleus / nucleus of the cell, the cell skeleton, and other organelles such as mitochondria and chloroplasts. This is the basic difference between prokaryotic cells with more complex eukaryotic cells. Biochemical test is a test used to determine the species previously unknown bacteria. Each germ has different biochemical properties that stage biochemical test is very helpful process of identification. Practicum is intended that the student is able to determine, the identification and characterization techniques of bacteria through biochemical tests. The benefits that can be taken in this lab is capable of doing biology student identification and characterization of bacteria through biochemical tests. In addition, biochemical tests can be used to look for bacteria capable decompose wastes such as urea, nitrate, strong acids and strong bases that can be used in the industrial field as generated by the wastewater treatment plant. Based on lab results that have been in get that in a biochemical test used to identify bacteria can be seen that each type of bacteria able to express or show their own character if done various tests for example in nitrate reduction test that produces a red color and the formation of clots so the bacteria can reducing nitrate.

Keywords: Bacteria, Bacterial Identification, Organisms, Biochemistry Test

--

BAB I
PENDAHULUAN

1.1    Latar Belakang
        Bakteri adalah kelompok organisme yang tidak memiliki membran inti sel. Organisme ini termasuk ke dalam domain prokariota dan berukuran sangat kecil (mikroskopik), serta memiliki peran besar dalam kehidupan di bumi.  Beberapa kelompok bakteri dikenal sebagai agen penyebab infeksi dan penyakit, sedangkan kelompok lainnya dapat memberikan manfaat dibidang pangan, pengobatan, dan industri. Struktur sel bakteri relatif sederhana: tanpa nukleus/inti sel, kerangka sel, dan organel-organel lain seperti mitokondria dan kloroplas. Hal inilah yang menjadi dasar perbedaan antara sel prokariot dengan sel eukariot yang lebih kompleks (Colome, 2001).
      Uji biokimia merupakan salah uji yang digunakan untuk menentukan spesies kuman yang tidak diketahui sebelumnya. Setiap kuman memiliki sifat biokimia yang berbeda sehingga tahapan uji biokimia ini sangat membantu proses identifikasi. Setelah sampel diinokulasikan pada media differensial atau selektif, kemudian koloni kuman diinokulasikan pada media uji biokimia. Ada 12 jenis uji yang sering digunakan dalam uji biokimia walaupun sebenarnya masih banyak lagi media yang dapat digunakan (Adam, 2001). Pentingnya dilakukan praktikum ini adalah untuk melakukan teknik identifikasi dan karakterisasi jenis bakteri melalui uji biokimia.

1.2    Rumusan Masalah
      Adapun rumusan masalah yang terdapat dalam praktikum ini adalah :
•    Bagaimana cara melakukan identifikasi bakteri melalui uji biokimia?
•    Jenis bakteri apakah yang terkarakterisasi dalam uji biokimia yang di lakukan dalam praktikum ini ?

1.3    Tujuan
    Praktikum ini bertujuan agar mahasiswa mampu  mengetahui, teknik melakukan identifikasi dan karakterisasi bakteri melalui uji biokimia.

1.4    Manfaat
     Manfaat yang dapat diambil dalam praktikum ini adalah mahasiswa biologi mampu melakukan melakukan identifikasi dan karakterisasi bakteri melalui uji biokimia. Selain itu uji biokimia ini dapat digunakan untuk mencari bakteri yang mampu menguraikan misalnya limbah urea, nitrat, asam-asam kuat dan basa kuat hal tersebut dapat dimanfaatkan dalam bidang industri sebagai pengolahan limbah yang dihasilkan oleh pabrik.

--

BAB II
 TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Pengertian Uji Biokimia Bakteri
    Uji biokimia bakteri merupakan suatu cara atau perlakuan yang dilakukan untuk mengidentifikasi dan mendeterminasi suatu biakan murni bakteri hasil isolasi melalui sifat - sifat fisiologinya. Proses biokimia erat kaitannya dengan metabolisme sel, yakni selama reaksi kimiawi yang dilakukan oleh sel yang menghasilkan energi maupun yang menggunakan energi untuk sintesis komponen-komponen sel dan untuk kegiatan selular, seperti pergerakan. Suatu bakteri tidak dapat dideterminasi hanya berdasarkan sifat-sifat morfologinya saja, sehingga perlu diteliti sifat-sifat biokimia dan faktor-faktor yang mempengaruhi pertumbuhannya. Ciri fisiologi ataupun biokimia merupakan kriteria yang amat penting di dalam identifikasi spesimen bakteri yang tidak dikenal karena secara morfologis biakan ataupun sel bakteri yang berbeda dapat tampak serupa, tanpa hasil pegamatan fisiologis yang memadai mengenai kandungan organik yang diperiksa maka penentuan spesiesnya tidak mungkin dilakukan. Karakterisasi dan klasifikasi sebagian mikroorganisme seperti bakteri berdasarkan pada reaksi enzimatik maupun biokimia.  Mikroorganisme dapat tumbuh pada beberapa tipe media yang memproduksi tipe metabolit yang dapat dideteksi dengan reaksi antara mikroorganisme dengan reagen test yang dapat menghasilkan perubahan warna reagen (Cowan, 2004).

2.2 Uji Indol
     Media yang dipakai adalah pepton 1%. Uji indol digunakan untuk mengetahui apakah kuman mempunyai enzim triptophanase sehingga kuman tersebut mampu mengoksidasi asam amino triptophan membentuk indol. Adanya indol dapat diketahui dengan penambahan reagen Ehrlich/Kovac’s yang berisi paradimetil amino bensaldehid. Interpretasi hasil : negatif (-) : Tidak terbentuk lapisan cincin berwarna merah pada permukaan biakan, artinya bakteri ini tidak membentuk indol dari triptophan sebagai sumber karbon. Positif (+) : Terbentuk lapisan cincin berwarna merah pada permukaan biakan, artinya bakteri ini membentuk indol dari triptophan sebagai sumber karbon(Cowan, 2004).

Gambar 2.1 Uji Indol (Ratna, 2012)

2.3 Uji MR
    Media yang digunakan adalah pepton glukosa phosphat. Uji ini digunakan untuk mengetahui adanya fermentasi asam campuran (metilen glikon). Interpretasi hasil : negatif (-) : Tidak terjadi perubahan warna media menjadi merah setelah ditambah methyl red 1%. Positif (+) : Terjadi perubahan warna media menjadi merah setelah ditambahkan methyl red 1%. Artinya bakteri menghasilkan asam campuran (metilen glikon) dari proses fermentasi glukosa yang terkandung dalam media MR (Cowan, 2004).
 

Gambar 2.2 Uji MR (Ratna, 2012)

2.4 Uji VP
    Media yang dipakai adalah pepton glukosa phosphat. Uji ini digunakan untuk mengetahui pembentukan asetil metil karbinol (asetoin) dari hasil fermentasi glukosa. Interpretasi hasil : negatif (-) : tidak terjadi perubahan warna media menjadi merah setelah ditambahkan a naphtol 5% dan KOH 40%. Positif (+) : terjadi perubahan warna media menjadi merah setelah ditambahkan a naphtol 5% dan KOH 40%, artinya hasil akhir fermentasi bakteri adalah asetil metil  karbinol (asetoin) (Colome, 2001).

Gambar 2.3 Uji VP (Ratna, 2012)

2.5 Uji Citrat
      Media yang dipakai adalah Simons citrat. Tujuan dari uji ini adalah untuk mengetahui apakah kuman menggunakan sitrat sebagai sumber karbon. Pada media Simons citrat berisi indikator BTB (Brom Tymol Blue). Apabila bakteri menggunakan sitrat sebagai sumber karbon maka media berubah menjadi basa dan berubah warna menjadi biru. Interpretasi hasil : negatif (-) : tidak terjadinya perubahan warna media dari hijau menjadi biru. Artinya bakteri ini tidak mempunyai enzim sitrat permease yaitu enzim spesifik yang membawa sitrat ke dalam sel. Sehingga kuman tidak menggunakan citra  sebagai salah satu/satu-satunya sumber karbon. Positif (+) : terjadinya perubahan warna media dari hijau menjadi biru, artinya kuman menggunakan citrat sebagai salah satu/satu-satunya sumber karbon (Ratna, 2012).
 

Gambar 2.4 Uji Citrat (Ratna, 2012)

2.6 Uji Motilitas
      Media yang dipakai adalah media yang bersifat semi solid dengan kandungan agar-agar 0,2-0,4%. Tujuan dari uji ini adalah untuk mengetahui gerak kuman, bisa memakai media MO (Motilitas Ornitin) atau SIM (Sulfida Indol Motility). Pada media SIM selain untuk melihat motilitas bisa juga untuk test indol dan pembentukan H2S. Interpretasi hasil : negatif (-) : terlihat adanya penyebaran yang berwarna putih seperti akar hanya pada bekas tusukan  inokulasi. Positif (+) : terlihat adanya penyebaran yang berwarna putih seperti akar disekitar inokulasi. Hal ini menunjukan adanya pergerakan dari bakteri yang diinokulasikan, yang berarti bahwa bakteri ini memiliki flagel (Burrows, 2004).

2.7 Uji Urenase
    Tujuan dari uji ini adalah untuk mengetahui apakah kuman mempunyai enzim urease yang dapat menguraikan urea membentuk amoniak. Media urea berisi indikator phenol red. Interpretasi hasil : negatif (-) : tidak terjadi perubahan warna media menjadi pink/merah jambu, artinya kuman tidak memecah urea membentuk amoniak. Positif (+) : tidak terjadi perubahan warna media menjadi pink/merah jambu, artinya kuman memecah urea membentuk amoniak (Lim, 2006).

 

Gambar 2.5 Uji Urenase (Ratna, 2012)

2.8 Uji TSA (Triple Sugar Iron Agar)
   Tujuan dari tes ini adalah untuk mengetahui kemampuan kuman untuk memfermentasikan karbohidrat. Pada media TSIA berisi 3 macam karbohidrat yaitu glukosa, laktosa dan sukrosa. Indikatornya adalah phenol red yang menyebabkan perubahan warna dari merah orange menjadi kuning dalam suasana asam. Glukosa berada di dasar media sedangkan laktosa dan sukrosa berada di bagian lereng. Selain menggunakan media TSIA dapat pula digunakan media KIA (Kligers Iron Agar), bedanya adalah pada media KIA hanya berisi 2 macam karbohidrat yaitu glukosa dan laktosa. Interpretasi hasil : hanya memfermentasi glukosa : Bila pada dasar (butt) media berwarna kuning (bersifat asam) dan lereng (slant) berwarna merah (bersifat basa) ? Al/Ac atau K/A. Memfermentasi semua karbohidrat : bila pada dasar (butt) media berwarna kuning (bersifat asam) dan lereng (slant) berwarna kuning (bersifat asam) ? Ac/Ac atau A/A. Tidak memfermentasi semua karbohidrat : bila pada dasar (butt) media berwarna merah (bersifat basa) dan lereng (slant) berwarna merah (bersifat basa) ? Al/Al atau K/K. Fermentasi pada TSIA juga disertai dengan pembentukan gas CO2 yang dapat dilihat dari pecahnya dan terangkatnya agar. Media TSIA juga dapat digunakan untuk mengetahui pembentukan H2S yaitu melihat apakah kuman memfermentasi metionin dan sistein (Asam amino yang mempunyai gugus S). Pada media TSIA terdapat asam amino metionin dan sistein, jika kuman memfermentasi kedua asam amino ini maka gugus S akan keluar dan gugus S akan bergabung dengan H2O membentuk H2S. Selanjutnya H2S bergabung dengan Fe2+ membentuk FeS berwarna hitam dan mengendap (Buchanan, 2003).
 

Gambar 2.6 Uji TSA (Ratna, 2012)

2.9 Uji Gula-gula
     Uji ini digunakan untuk mengetahui apakah kuman memfermentasi masing-masing gula diatas membentuk asam. Media gula-gula ini terpisah dalam 5 tabung yang berbeda dan media yang digunakan adalah masing-masing gula dengan konsentrasi 1% dalam pepton. Masing-masing gula gula ditambahkan indikator phenol red. Interpretasi hasil : negatif (-) : tidak terjadi perubahan warna media dari merah menjadi kuning, artinya kuman tidak memfermentasi gula .Positif (+) : terjadi perubahan warna media dari merah menjadi kuning. Artinya kuman memfermentasi gula membentuk ditandai dengan tinta pada tutup kapas yang berbeda-beda. Untuk glukosa tidak berwarna, laktosa berwarna ungu, maltosa berwarna merah, manitol berwarna hijau, dan sukrosa berwarna biru. Didalam media gula- asam, positif + gas (+g) : Terjadi perubahan warna media dari merah menjadi kuning. Artinya kuman memfermentasi gula membentuk asam dan gas. Gas yang diperhitungan minimal 10% dari tinggi tabung durham (Adam, 2001)
 

Gambar 2.7 Uji Gula-gula (Ratna, 2012)

--

BAB III
 METODE PRAKTIKUM

3.1 Waktu dan Tempat
     Praktikum dengan judul “Identifikasi Bakteri Melalui Uji Biokimia“ yang dilaksanakan pada tanggal 31  Maret 2015 hari Selasa pada pukul 11.35-15.10 di Laboratorium Mikrobiologi Jurusan Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Brawijaya Malang.

3.2 Fermentasi Karbohidrat
    Pertama, tabung yang berisi media karbohidrat Phenol Red yang telah disiapkan, diinokulasi dengan satu ose biakan isolate, kemudian di inkubasi pada suhu ruang selam 24 jam, lalu diamati perubahan warna indikator Phenol red dan terbentuknya gas.

3.3 Reduksi Nitrat
     Pertama, diinokulasi isolat ke dalam medium nitrat cair, kemudian diinkubasi selama 24-48 jam dalam suhu ruang, kemudian dituang setengah bagian biakan ke tabung reaksi kosong lain dan ditambahkan 2-3 tetes larutan asam sulfanilat dan 2-3 tetes larutan naftilamin.

3.4 Uji Oksidase
    Pertama, bakteri dalam cawan tersebut digenangi oleh reagen uji dan diamati hasilnya. Uji positif ditandai dengan berubahnya koloni menjadi merah muda, kemudian merah tua, merah gelap dan akhirnya hitam.

3.5 Hidrolisis Protein (Protease)
     Pertama, dibagi menjadi dua pada cawan skim milk menjadi 2 bagian, masing-masing bagian digores dengan isolat yang berbeda dan dilabeli kemudian diinkubasi selam 24-48 jam dalam suhu ruangan, kemdian diamati perubahan pertumbuhan koloninya.

3.6 Produksi Katalase
     Pertama, 2 tetes hidrogen peroksida 3% diletakkan pada tengah-tengah gelas obyek bersih. Kedua, secara aseptis dipindahkan satu ose biakan ke atas larutan hidrogen peroksida dan dicampur dengan hati-hati. Reaksi dikatakan positif jika terbentuk gelembung oksigen yang menunjukkan isolat tersebut menghasilkan enzim katalse yang mengubah hidrogen peroksida menjadi air dan oksigen.

3.7 Hidrolisis Protein yang Mengandung Sulfur : Produksi H2S
     Pertama, isolat diambil dan diatur pad arak tabung, kemudian diinokulasi isolate tersebut pada medium cair sistein Fe yang telah disiapkan dan diinkubasi 24-48 jam dalam suhu ruang dan kemudian diamati setelah diinkubasi perubahan warna dalam media tersebut. Uji dikatakan positif jika berwarna hitam kecokelatan.

3.8 Uji Sitrat Simons
    Pertama, isolat di inokulasi ke dalam media agar Sitrat Simons kemudian diinkubasi selama 24-48 jam pada suhu ruang dan diamati apakah ada pertumbuhan dan terdapat perubahan warna.

3.9 Uji Motilitas
Pertama, jarum enten disterilkan kemudian disentuhkan koloni bakteri dengan ujung jarum enten, lalu enten ditusukkan ke dalam agar hingga ke dasar tabung dan diinkubasi kemudian diamati pola bakteri.

--

BAB IV
 HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Analisis Hasil
4.1.1 Tabel Hasil Pengamatan

Gambar 4.1 Tabel Hasil Pengamatan Uji Biokimia Identifikasi Bakteri

4.1.2 Intepretasi Data
       Pada bakteri  yang menggunakan perbenihan gula-gula didapat pada media glukosa terjadi pembentukan asam yang ditandai dengan perubahan warna dari merah menjadi kuning pada media glukosa, artinya bakteri ini membentuk asam dari fermentasi glukosa. Pada media glukosa juga terbentuk gelembung pada tabung durham yang diletakkan terbalik didalam tabung media artinya hasil fermentasi berbentuk gas. Sedangkan pada medium sukrosa, laktosa, maltosa dan manitol didapat tidak adanya pembentukan gas yang ditandai dengan tidak berubahnya warna pada medium dan juga tidak terjadi pembentukan gas yang ditandai dengan tidak adanya gelembung pada tabung durham (Fardiaz, 2002). Pada hasil uji dalam praktikum ini yaitu uji fermentasi karbohidrat semuanya + dan berwarna kuning namun pada laktosa tetap berwarna merah dan bersifat negatif. Pada uji metil ret menghasilkan negatif dan tetap berwarna kuning. Jika uji tersebut positif maka  yaitu adanya perubahan warna kuning keemasan menjadi warna kuning muda, hal ini menandakan bahwa bakteri membentuk asam dari fermentasi metil red. Komposisi dari medium metil red adalah media kaldu yang mengandung pepton, buffer, dan glukosa. Dari kandungan inilah bakteri mengurai metil red untuk proses metabolismenya. Hal tersebut dapat dilihat pada tabel hasil pengamatan medium MR untuk jenis bakteri (Cowan, 2004). Pada uji Voges-Proskauer hasilnya negatif dan ditunjukkan warnanya tetap kuning. Hal ini dikarenakan oleh bakteri membentuk basa dari fermentasi Voges-Proskauer. Komposisi dari medium Voges-Proskauer adalah media kaldu yang mengandung pepton, buffer, dan glukosa. Dari kandungan inilah mengapa bakteri tidak dapat mengurai Voges-Proskauer untuk proses metabolismenya. Hal tersebut dapat dilihat pada tabel hasil pengamatan medium Voges-Proskauer untuk jenis bakteri (Cappuccino, 2000). Pada uji reduksi nitrat diperoleh hasil yang positif karena terdapat gumpalan warna merah. Uji reduksi nitrat ditandai dengan terbentuknya warna merah atau merah muda setelah menambahkan reagen uji yang menunjukkan nitrat telah tereduksi menjadi nitrit (Burrows, 2004). Pada uji oksidase diperoleh hasil negative yang ditandai dengan tidak berwarna gelap. Pada uji oksidase digunakan p-amino dimethylaniline,perubahan koloni menjadi merah menujukkan tes positif sedangkan perubahan warnakoloni menjadi ungu menunjukkan tes negatif. Pada awal oksidasi suatu substratoleh jasad renik, hidrogen dipindahkan dari substrat itu oleh enzim khususyaitu dehidrogenase. Melalui kerja enzim pernafasan, kemudian atom hidrogen itudibawa ke penerima terakhir. Sebagai penerima atom H dan elektron terakhiradalah zat warna atau indikator oksidasi-reduksi. Zat warna akan tereduksi danberubah warna (Adam, 2001). Pada uji katalase didapatkan hasil yang negatif dan tidak terbentuk gelembung karena pada bakteri tidak mengandung hidrogen peroksida yang diurai oleh enzim katalase. Pada uji hidrolisis protein menghasilkan nilai + karena terbentuk zona bening. Pada uji asam aminotriptofan bersifat negatif karena berwarna tidak merah. Pada uji hidrolisis pati menghasilkan uji nilai positif karena ada zona bening, Pada uji hidrolisis pati, hasil positif ditandai dengan terbentuknya zona bening berwarna kuning disekitar daerah pertumbuhan bakteri atau mikroorganisme dan tidak terjadi perubahan warna medium setelah penambahan larutan lugol. Hal ini menunjukkan amilum/pati telah terhidrolisis menjadi sakarida yang lebih sederhana(Buchanan,2003). Pada uji simmon sitrat menunjukkan hasil negatif karena warnanya tetap hijau. Media yang dipakai adalah Simons citrat. Tujuan dari uji ini adalah untuk mengetahui apakah kuman menggunakan sitrat sebagai sumber karbon. Pada media Simons citrat berisi indikator BTB (Brom Tymol Blue). Apabila bakteri menggunakan sitrat sebagai sumber karbon maka media berubah menjadi basa dan berubah warna menjadi biru. Pada uji KIA dan LIA tetap ungu dan merah hal tersebut menunjukkan bahwa hasil dari uji tersebut negatif kemudian pada uji motilitas menunjukkan pertumbuhan tidak menyebar dan hasilnya negatif dan pada uji urea menunjukkan hasil yang negatif dan tetap berwarna ungu.

--

BAB V
 PENUTUP

5.1 Kesimpulan
     Berdasarkan dari hasil praktikum yang telah di dapatkan bahwa dalam uji biokimia yang digunakan untuk mengidentifikasi bakteri dapat dilihat bahwa tiap jenis bakteri dapat mengekspresikan atau menunjukkan karakternya tersendiri jika dilakukan berbagai macam uji misalnya dalam uji reduksi nitrat yang menghasilkan warna merah dan terbentuknya gumpalan jadi bakteri tersebut dapat mereduksi nitrat.

5.2 Saran
    Perlu dijelaskan kembali mengenai uji-uji yang dilakukan dan aplikasinya dalam kehidupan sehari-hari karena masih belum jelas.

--

DAFTAR PUSTAKA

Adam,MR.2001. Microbiology of Fermented Food .Elsivier Applied Science Publisher,Ltd. New York. 

Buchanan,RE. & Gibbons,NE.2003.  Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology. The William & Wilkins Company Baltimore.USA.

Burrows, W., J.M. Moulder, and R.M. Lewert. 2004. Texbook of Microbiology. W.B. Saunders Company. Philadelphia.

Cappuccino,JG.& Sherman,N. 2000. Microbiology: A Laboratory Manual. The Benjamin/Cummings Publishing Company,Inc. California.

Colome,JS. Et al. 2001. Laboratory Exercises in Microbiology. West Publishing  Company.New York.

 Cowan,ST. 2004.  Manual for the Identification of Medical Fungi. Cambridge University Press. London.

Fardiaz,Srikandi.2002. Mikrobiologi Pangan 1. PT Gramedia Pustaka Utama,Jakarta

Lim,D. 2006. Microbiology. McGraw-Hill. New York.

Prescott, L.M. 2003. Microbiology. Mc Graw Hill. New York.
  
Ratna, Siri .2012. Mikrobiologi Dasar dalam Praktek: Teknik dan Prosedur dasar Laboratorium. PT Gramedia,Jakarta.

  
Suriawiria, U. 2005. Mikrobiologi Dasar. Papas Sinar Sinanti. Jakarta.

--

       Teman-teman juga bisa mendownload file berupa Ms.word di sini 

     Sekian artikel dari NguentenPon™ ,semoga bisa bermanfaat bagi teman-teman. Apabila ada yang ingin ditanyakan silahkan tinggalkan di kotak komentar atau kontak dengan penulisnya. Setiap hari minggu saya akan terus update artikel biologi stay on terus di NguentenPon™. Terima kasih dan sampai jumpa


Penulis :
Nama : Viol Dhea Kharisma
Facebook : Viol Dhea Kharisma


Admin :
Nama : Rizki Indra Prasetyawan
Fb : Rizky Indra Prasetyawan


Kata Kunci : Identifikasi Bakteri


Mau Copas?
     Silahkan copas namun harus diedit dan tidak boleh sama persis serta harus disertai sumber link.
https://nguentenpon.blogspot.co.id/2015/06/laporan-praktikum-mikrobiologi-umum-identifikasi-bakteri-melalui-uji-biokimia.html

Read more